處理標準:
醫院污水經處理與消毒后，應達到下列標準：一、連續三次各取樣500毫升進行檢驗，不得檢出腸道致病菌和結核桿菌。
總大腸菌群數每升不得大于500個。
當采用氯化法消毒時，接觸時間和接觸池出水中的余氯含量，應符合表2·02的要求：
污水處理構筑物中的污泥，必須經過無害化處理，污泥排放時應達到下列標準：
蛔蟲卵死亡率大于95%；二、糞大腸菌值不小于10-2；三、每10克污泥(原檢樣中)，不得檢出腸道致病菌和結核桿菌。
當污泥采用高溫堆肥法進行無害化處理時，堆肥的溫度必須大于50℃，并應持續5天以上。
無上、下水道設備或集中式污水處理構筑物的醫院，對有傳染性的糞便，必須進行單獨消毒或其它無害化處理。第2.0.6條醫院污水經處理和消毒后，其所含的污染物質與有害物質的含量應符合現行的有關標準的要求。
新標準
1、新標準對醫院產生的污水、廢氣和污泥進行了全面控制，在強調對含病原體污水的消毒效果的同時，兼顧生態環境安全。
2、在生物指標上，新標準對排入下水道與排入水體的醫院污水提出不同要求。新標準嚴格區分醫院性質，同時根據污水去向分為兩個等級，并在原有標準基礎上提出嚴格的控制各級指標。
3、新標準考慮了消毒效果和生態安全性問題，針對不質醫院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規定，嚴格了余氯標準的上限。
4、在理化指標方面，對排入地表水體的醫院污水和傳染病醫院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。
