微生物具有容易變異的特性，因而，在保藏過程中，有必要使微生物的代謝處于zui不活潑或相對停止的狀況，才能在必定的時刻內(nèi)使其不發(fā)生變異而又堅(jiān)持日子才能。低溫、枯燥和阻隔空氣是使微生物代謝才能下降的重要要素，所以，菌種保藏辦法雖多，但都是根據(jù)這三個要素而設(shè)計(jì)的。
保藏辦法大致可分為以下幾種：
1．寄主保藏法
用于目前尚不能在人工培育基上成長的微生物，如病毒、立克次氏體、螺旋體等，它們有必要在日子的動物、昆蟲、雞胚內(nèi)感染并傳代，此法適當(dāng)于一般微生物的傳代培育保藏法。病毒等微生物亦可用其他辦法如液氮保藏法與冷凍枯燥保藏法進(jìn)行保藏。
2．冷凍保藏法
可分低溫冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速凍住（約-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。
3．冷凍枯燥保藏法
先使微生物在極低溫度（-70℃左右）下快速冷凍，然后在減壓下運(yùn)用提高現(xiàn)象除掉水分（真空枯燥）。
有些辦法如濾紙保藏法、液氮保藏法和冷凍枯燥保藏法等均需運(yùn)用保護(hù)劑來制備細(xì)胞懸液，以防止因冷凍或水分不斷提高對細(xì)胞的損害。保護(hù)性溶質(zhì)可通過氫和離子鍵對水和細(xì)胞所發(fā)生的親和力來安穩(wěn)細(xì)胞成分的構(gòu)型。保護(hù)劑有牛乳、血清、糖類、甘油、二甲亞砜等。
4．傳代培育保藏法
又有斜面培育、穿刺培育、皰肉培育基培育等（后者作保藏厭氧細(xì)菌用），培育后于4—6℃冰箱內(nèi)保存。
5．液體白臘掩蓋保藏法
是傳代培育的變相辦法，可以恰當(dāng)延長保藏時刻，它是在斜面培育物和穿刺培育物上面掩蓋滅菌的液體白臘，一方面可防止因培育基水分蒸騰而引起菌種逝世，另一方面可阻撓氧氣進(jìn)入，以減弱代謝作用。
6．載體保藏法
是將微生物吸附在恰當(dāng)?shù)妮d體，如土壤、沙子、硅膠、濾紙上，然后進(jìn)行枯燥的保藏法，例如沙土保藏法和濾紙保藏法使用適當(dāng)廣泛。