1、ESTs與基因識別

EST技術zui常見的用途是基因識別，傳統的全基因組測序并不是發現基因zui有效率的方法，這一方法顯得即昂貴又費時。因為基因組中只有2%的序列編碼蛋白質，因此一部分科學家支持首先對基因的轉錄產物進行大規模測序，即從真正編碼蛋白質的mRNA出發，構建各種cDNA文庫，并對庫中的克隆進行大規模測序。Adams等提出的表達序列標簽的概念標志著大規模cDNA測序時代的到來。雖然ESTs序列數據對不，度zui高為97%，但實踐證明EST技術可大大加速新基因的發現與研究。Medzhitov等通過果蠅黑胃TOLL蛋白進行dbEST數據庫檢索，該蛋白已證實在成熟果蠅抗真菌反應中發揮重要作用，通過同源分析的方法，找到相應的人類同源EST（登錄號為H48602），這為接下來研究人類TOLL同源蛋白的功能提供了很好的條件。hMSH5基因是從釀酒酵母菌MSH5存在30%的一致性，它與hMSH4特異性相互作用，在減數分裂和精子發生過程中發揮一定的作用。由此可見，應用EST技術，可以跳過生物分類學的界限，從生物模型的已識別基因迅速克隆出人和小鼠基因組相應的更復雜的未知基因。生物間在核苷酸水平上的進貨差異阻礙了傳統意義上的雜交或以PCR為基礎的基因克隆策略，即使是親緣關系很接近的生物也不例外，如C.elegans和C.briggsae，它們僅在2～5千萬年前分化形成。而通過計算機進行dbEST進行數據庫篩選，其配制是電子雜交實驗，提供了一條更為廣泛的基因識別路線，這一路線允許基因組間存在差異，這使得基因識別與新基因克隆策略發生革命性變化，同時它也提供了一個足夠大小和復雜的基因數據庫，目前，ESTs數量正以平均每月10萬條的速度遞增。

2、ESTs和物理圖譜構建

ESTs在多種以基因為基礎的人和植物基因組物理圖譜構建中扮演著重要角色。在這一應用中，從ESTs發展起來的PCR或雜交分析可用來識別YACs、BACs或其他含有大片段插入克隆類型的載體，它們是構建基因組物理圖譜的基礎，將EST與基因組物理圖譜相比較即可辨認出含有剩余基因序列的基因組區間，包括調控基因表達的DNA控制元件，對這些元件進行分析就有可能獲得對基因功能的詳細了解。物理圖譜與遺傳圖譜間的相互參考，形成一個用途更廣泛的綜合資源，獲得這張綜合圖譜后，研究人員就可以孟德爾遺傳特征為基礎，將相關基因定位在基因組區間上，并且通過查詢以ESTs為基礎的藶圖譜，即可獲得這一區間上所有基因的名單。該綜合資源用途的大小取決于EST數據庫中擁有的基因數目。目前人和小鼠EST的不斷擴充使其應用更加廣泛和便捷。