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摘要:DNA微陣列是生命科學研究的重要工具,在疾病診斷、藥物開發等領域得到了廣泛應用。在應用過程中,產生了大量的數據,這些數據的存儲、分發和數據挖掘成為DNA微陣列能被推廣應用的關鍵技術。本論文簡單介紹了這兩方面的研究現狀。
關鍵詞:DNA微陣列 數據挖掘 數據倉庫 標準 基因表達分析
一、引言
DNA微陣列(DNA microarray),也叫基因芯片,是近幾年發展起來的一種能快速、檢測DNA片段序列、基因型及其多態性或基因表達水平的新技術。它將幾十個到上百萬個不等的稱之為探針的核苷酸序列固定在微小的(約1cm2)玻璃或硅片等固體基片或膜上,該固定有探陣的基片就稱之為DNA微陣列。它利用核苷酸分子在形成雙鏈時遵循堿基互補原則,可以檢測出樣本中與探陣陣列中互補的核苷酸片段,從而得到樣本中關于基因結構和表達的信息。它的技術來源追溯到一個多世紀之前,Ed Southern發現被標記的核酸分子能夠與另一被固化的核酸分子配對雜交。因此,Southern blot可被看做是zui早的基因芯片。在八十年代,Bains W.等人就將短的DNA片斷固定到支持物上,借助雜交方式進行序列測定。1995年,斯坦福大學開發出*片cDNA芯片并用于生命科學研究,1998年美國Affymetrix公司將*片帶有13.5萬個基因探陣的寡聚核苷酸芯片推向市場,標志著DNA微陣列的產業化,從此基因芯片或DNA微陣列的研究和應用得到了廣泛的重視,可以說在生命科學研究界和產業界掀起了基因芯片熱潮,1999年Nature出??榻B這門基因芯片及其應用。
基因芯片可用于DNA序列的再測序、基因SNP或多態性檢測和基因表達分析。由于基因芯片技術是一種高通量檢測技術,它可是并行的同時檢測成百上千,甚至成千上萬個基因的活動情況或dna片段,改變了傳統的每次只能檢測一個基因的情況,因此能大大提高檢測效率,降低檢測成本,并保證了檢測質量?;蛐酒夹g可廣泛應用于疾病診斷和治療、藥物篩選、農作物的優育優選、司法鑒定、食品衛生監督、環境檢測、國防、航天等許多領域。它將為人類認識生命的起源、遺傳、發育與進化、為人類疾病的診斷、治療和防治開辟全新的途徑,為生物大分子的全新設計和藥物開發中先導化合物的快速篩選和藥物基因組學研究提供技術支撐平臺。
通過基因表達譜的研究可以進行進一步的理論研究或應用研究。
1、理論研究。根據基因組基因表達譜可以進一步分析共表達基因是否存在共同的順式調控元件,發現新的調控元件。此外,可以研究基因的調控規律,構建調控網絡。
2、應用研究包括疾病診斷和藥物開發。根據不同疾病狀態下的差異表達譜的研究可以確定疾病的類型和進展。研究藥物作用后基因表達譜的改變可以確定藥物的毒性、預后和療效,從而指導藥物開發和臨床合理用藥。
在基于DNA微陣列的基因表達分析研究中,數據的分析和管理是一個關鍵性的問題,它直接影響了實驗結果的準確型和實驗的可靠性。
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