石蠟DNA，RNA同時提取試劑盒

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit

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簡介：

從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織切片中同時純化基因組DNA和總RNA（包括小RNAs）

1．使用小樣本量即可獲得大量純化產(chǎn)物

2．在純化同時，保持DNA和RNA的完整性

3．高效分離RNA和DNA

4．對同一FFPE樣本進行全面的DNA和RNA分析

如要對基因組學和轉錄組學數(shù)據(jù)進行可靠比較，則需從同一樣本中純化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從福爾馬林固定、石蠟包埋的組織樣本中純化DNA和RNA。純化產(chǎn)物適用于real-time PCR和焦磷酸測序等應用。

詳細信息：

性能

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit純化的DNA和RNA的質(zhì)量與使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit純化的產(chǎn)物的質(zhì)量相當。因此，純化產(chǎn)物可用于焦磷酸測序、real-time PCR和RT-PCR等下游應用。

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原理

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit專為從FFPE樣本中同時純化基因組DNA和總RNA而設計。該試劑盒可使用同一樣本純化DNA和RNA，而非像其他純化方法那樣，需將樣本分為兩份再分別進行純化操作。如將樣本分為兩份分別純化DNA和RNA，其純化出的DNA和RNA來自不同的細胞群落，可能具有不同性質(zhì)特征。從同一樣本中同時純化DNA和RNA可減少浪費，因為FFPE樣本是十分珍貴的樣本，通常很難恢復且樣本量少。

由于固定和包埋，F(xiàn)FPE樣本中的核酸通常都嚴重片段化，核酸的分子量通常小于從新鮮或冷凍樣本中分離出的核酸的分子量。從同一FFPE樣本中分離DNA和RNA面臨著很大困難：片段化的DNA長度短，且部分是單鏈結構；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA這一特性使得用物理方法分離DNA和RNA十分困難。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。

盡管標準的質(zhì)量控制分析（如凝膠電泳或芯片分析方法）無法檢測到甲醛的化學修飾，但其對酶分析有嚴重干擾。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經(jīng)過優(yōu)化，可zui大程度上逆轉甲醛化學修飾，而不引起DNA和RNA的進一步降解。

操作流程

簡單的流程可從同一個樣本中純化高品質(zhì)DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用的溶解方法，從同一個FFPE樣本中分別釋放DNA和RNA。使用這種方法時，F(xiàn)FPE樣本要在優(yōu)化的裂解緩沖液中孵育，使得RNA釋放出來，而DNA形成沉淀。離心后，將含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分別處理，純化RNA和DNA。再次進行孵育有一定的解交聯(lián)作用，然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute離心柱純化RNA和DNA。用柱上DNA酶處理純化的RNA，以有效去除DNA污染。根據(jù)RNA與離心柱的結合情況，純化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。對于純化后的DNA，可選擇性進行柱上RNA酶消化，因為在離心前的DNA和RNA分離步驟中RNA污染水平已達到zui低。

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應用

盡管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已經(jīng)過優(yōu)化，可zui大程度上逆轉福爾馬林化學修飾，而不引起DNA和RNA的進一步降解；但從FFPE樣本中純化獲得的核酸不應該用于需要大分子量DNA或完整長度RNA的下游應用。一些應用可能需要進行化學修飾后，再使用片段化核酸（如：設計PCR和RT-PCR的小擴增子）。在cDNA合成中，應使用基因特異性引物，而非oligo-dT引物。如果無法使用基因特異性引物，則可使用任意引物。

技術參數(shù)：

特點	參數(shù)
Applications	PCR, qPCR, real-time RT-PCR, microarray
Elution volume	RNA: 14-30µl ; DNA: 30-100µl
Format	Spin column
Main sample type	FFPE tissue samples
Number of preps per run	50
Processing	Manual (centrifugation)
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein	RNA (miRNA) and DNA
Sample amount	max. 410 µm sections or 220 µm sections
Technology	Silica technology
Time per run or per prep	6h for 10 samples, including sectioning
Yield	Varies