1、選擇適宜的營養物質
微生物生長繁殖都需要培養基含有碳源、氮源、無機鹽、生長因子、水及能源。不同的微生物對營養物質的需求是不一樣的。例如自養型微生物能從簡單的簡單的元機物合成自身需要的糖類、脂類、蛋白質、核酸、維生素等復雜的的有機物，因此培養自養型微生物的培養基本*可以由簡單的無機物組成。
2、營養物質濃度及配比合適
培養基中營養物質濃度合適時微生物才能生長良好，養物質過低時不能滿足微生物正生長需求，濃度過高則可能微生物生長起抑制作用。
3、控制PH條件
養基的PH必須控制在一定的范圍內，以滿足不同類型微生物的生長繁殖或產生代謝產物。一般來講，細菌與放線菌適于在PH7-7.5范圍內生長，酵母菌和霉菌通常在PH4.5-6范圍內生長。為了維持培養基PH的相對恒定，通常在培養基中加入PH緩沖劑，常用的緩沖劑是一氫和二氫磷酸鹽組成的混合物。
4.控制氧化還原電位
同類型微生物生長對氧化還原電位的要求不一樣，一般好氧性微生物在氧化還原電位值為+0.1V以上時可以正常生長，一般在+0.3-+0.4V宜。厭氧性微生物只能在氧化還原電位值為+0.1V以下生長。
5、原理來源的選擇
在配置培養基時應盡量利用廉價且易獲得的原料作為培養基的成分，特別是在發酵工業中，培養基用量很大，利用低成本的原料更體現出經濟價值。
6、滅菌處理
對培養基一般采取高壓蒸汽滅菌，在壓蒸汽滅菌過程中，長時間高溫會使某些不耐溫物質遭到破壞。在配置培養基的過程中，泡沫的存在對滅菌處理不利，因為泡沫中的空氣形成隔熱層，使泡沫中的微生物難以殺死。因而有時需要在培養基中加入消泡沫劑以減少泡沫的產生。
