一、形態結構和培養特性觀察
1、微生物的形態結構觀察主要是通過染色，在顯微鏡下對其形狀、大小、排列方式、細胞結構（包括細胞壁、細胞膜、細胞核、鞭毛、芽孢等）及染色特性進行觀察，直觀地了解細菌在形態結構上特性，根據不同微生物在形態結構上的不同達到區別、鑒定微生物的目的。
2、細菌細胞在固體培養基表面形成的細胞群體叫菌落（colony）。不同微生物在某種培養基中生長繁殖，所形成的菌落特征有很大差異，而同一種的細菌在一定條件下，培養特征卻有一定穩定性。，以此可以對不同微生物加以區別鑒定。因此，微生物培養特性的觀察也是微生物檢驗鑒別中的一項重要內容。
1）細菌的培養特征包括以下內容：在固體培養基上，觀察菌落大小、形態、顏色（色素是水溶性還是脂溶性）、光澤度、透明度、質地、隆起形狀、邊緣特征及遷移性等。在液體培養中的表面生長情況（菌膜、環）混濁度及沉淀等。半固體培養基穿刺接種觀察運動、擴散情況。
2）霉菌酵母菌的培養特征：大多數酵母菌沒有絲狀體，在固體培養基上形成的菌落和細菌的很相似，只是比細菌菌落大且厚。液體培養也和細菌相似，有均勻生長、沉淀或在液面形成菌膜。霉菌有分支的絲狀體，菌絲粗長，在條件適宜的培養基里，菌絲無限伸長沿培養基表面蔓延。霉菌的基內菌絲、氣生菌絲和孢子絲都常帶有不同顏色，因而菌落邊緣和中心，正面和背面顏色常常不同，如青霉菌：孢子青綠色，氣生菌絲無色，基內菌絲褐色。霉菌在固體培養表面形成絮狀、絨毛狀和蜘蛛網狀菌落。
二、生理生化試驗
微生物生化反應是指用化學反應來測定微生物的代謝產物，生化反應常用來鑒別一些在形態和其它方面不易區別的微生物。因此微生物生化反應是微生物分類鑒定中的重要依據之一。
微生物檢驗中常用的生化反應有：
1、糖酵解試驗
不同微生物分解利用糖類的能力有很大差異，或能利用或不能利用，能利用者，或產氣或不產氣?？捎弥甘緞┘鞍l酵管檢驗。
試驗方法：以無菌操作，用接種針或環移取純培養物少許，接種于發酵液體培養基管，若為半固體培養基，則用接種針作穿刺接種。接種后，置36±1.0°C培養，每天觀察結果，檢視培養基顏色有無改變（產酸），小倒管中有無氣泡，微小氣泡亦為產氣陽性，若為半固體培養基，則檢視沿穿刺線和管壁及管底有無微小氣泡，有時還可看出接種菌有無動力，若有動力、培養物可呈彌散生長。
本試驗主要是檢查細菌對各種糖、醇和糖苷等的發酵能力，從而進行各種細菌的鑒別，因而每次試驗，常需同時接種多管。一般常用的指示劑為酚紅、溴甲酚紫，溴百里藍和An-drade指示劑。
2、淀粉水解試驗
某些細菌可以產生分解淀粉的酶，把淀粉水解為麥芽糖或葡萄糖。淀粉水解后，遇碘不再變藍色。
試驗方法：以18~24h的純培養物，涂布接種于淀粉瓊脂斜面或平板（一個平板可分區接種，試驗數種培養物）或直接移種于淀粉肉湯中，于36±1°C培養24~48h，或于20°培養5天。然后將碘試劑直接滴浸于培養表面，若為液體培養物，則加數滴碘試劑于試管中。立即檢視結果，陽性反應（淀粉被分解）為瓊脂培養基呈深藍色、菌落或培養物周圍出現無色透明環、或肉湯顏色無變化。陰性反應則無透明環或肉湯呈深藍色。
淀粉水解系逐步進行的過程，因而試驗結果與菌種產生*的能力、培養時間，培養基含有淀粉量和pH等均有一定關系。培養基pH必須為中性或微酸性，以pH7.2zui適。淀粉瓊脂平板不宜保存于冰箱，因而以臨用時制備為妥。
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