我們腸道中的共生菌能夠與正常細胞過程相互作用，生產人體所必需的物質（比如氨基酸）。理解腸道菌對代謝、免疫和行為的影響，一直是科學家們的研究熱點。
嬰兒需要腸道菌提供的營養物質和維生素。研究人員發現，與剖腹產嬰兒相比，順產嬰兒明顯與母親共享更多的腸道菌。值得注意的是，固體食物的引入并不是改變嬰兒微生物組的關鍵因素，推動微生物組成熟的其實是斷奶。由此可見，在嬰兒微生物組的發育過程中，斷奶是一個非常重要的事件。
在兒童服用的藥物中，抗生素占了四分之一。但很多時候并沒有必要使用抗生素。這些藥物不僅會引發細菌抗性，還會破壞兒童的腸道微生物組，對身體產生*的影響（包括肥胖、過敏和自身免疫疾病）。
舉例來說，抗生素會消滅幫助免疫細胞成熟的關鍵腸道菌，使人體容易過敏。因為這些免疫細胞在面對過敏原的時候負責控制免疫系統。即使這種腸道菌重新出現，免疫系統也無法恢復原狀。
將現有的研究關聯起來，展示抗生素對微生物組以及相關疾病的影響。研究人員還開發了一個診斷測試，可以算出嬰兒腸道微生物組的相對發育年齡。兒科醫生可以通過這樣的測試，鑒定并治療微生物組發育落后一個月以上的嬰兒。
近年來，哮喘和過敏逐漸成為了*zui常見的慢性疾病，在四歲以上的兒童中尤為普遍。越來越多的證據表明，這兩種疾病與人類微生物組的組成和功能有關。
探討了呼吸道、腸道和環境微生物組在哮喘和過敏疾病中起到的作用。他們相信，將呼吸道和腸道微生物組作為靶標，可以有效預防或者管理哮喘、過敏和其他以適應性免疫紊亂為主要特征的疾病。
