LemnaTec軟件軟件包分為不同部分：LemnaLauncher作為切入點，快速地評估測量；LemnaControl軟件進行實驗成像設置和儀器的控制；LemnaBase提供數據庫基礎設施，用于存儲和訪問圖像；LemnaGrid是綜合性的圖像分析工具箱；LemnaMiner進行基本數據分析，并具有所有標準格式的全面導出功能。
LemnaTec的所有軟件都在不斷改進，以適應日益增長的智能圖像和數據分析需求
1. LemnaLauncher
LemnaLauncher是允許訪問整個產品范圍內的所有LemnaTec軟件產品的主要框架。所有研究圖像，分析結果和元數據均可在LemnaLauncher中訪問，并直接與研究者的產品配置和圖像分析配置設置相關聯。這提供了完整的數據管理和衡量質量的保證。所有軟件模塊的集成可為研究者提供了一個完整的數字表型工作流程 - 從數據采集，圖像分析到LemnaMiner的統計結果顯示。另外，連續的工作過程可以加速結果生成和分析，而無需人為干擾，很大程度的保證數據完整性。
對于從開始準備實驗，到控制實驗運行到分析所有任務，LemnaLauncher為這些任務提供了初始界面，同時為研究人員提供了補充功能和選項。
在實驗期間，特色的數據監視查看器使研究人員能夠不斷更新有關實驗設計。使用概覽圖塊查看器，用戶可以訪問所獲取的圖像和附加的元數據，例如。圖像分析結果由LemnaGrid提供，附加信息，如位置，PAR，RH和附加到ScanalyzerField的其他天氣數據。
圖1：LemnaLauncher樹視圖
為了監控所有實驗數據，LemnaLauncher介紹了快照概念，將所有圖像和分析結果組織成為一個方便的概述格式—由代表實驗的ID標簽和獲取快照的時間定義。通過常見的測量標記后，快照被分好組，用于對同一實驗的group assays。
為了全面了解快照信息，研究人員可以選擇一個測試圖像，并將其與所有可用圖像進行比較，將視圖分割成多個顯示這樣可以給到研究者更快速和更詳細的印象。例如對照和處理組植株的生長速率測量與分析。同事，研究者有機會同時查看所有可用的圖像模式，以檢測早期跡象實驗條件，并檢測處理組和對照組之間的細微差異。
實驗完成后，數據準備進行分析，并且在快速查看圖像后，研究人員可以直接訪問統計工具箱LemnaMiner而不需要離開LemnaLauncher。
特征：
- 系統用戶的創建和管理
- 提供主屏幕并授予對LemnaTec軟件模塊的訪問權限：
?LemnaBase，數據庫管理
?LemnaControl控制連接的硬件（鏈接到Control和硬件）
? LemnaGrid圖像分析工具箱
?LemnaMiner顯示和過濾實驗的統計相關數據
- 樹視圖，全面了解所有獲取的圖像和附加的元數據，如圖像分析，重量，澆水量
?過濾所顯示項目的選項，這將有助于您跟蹤數據，即使是存儲在數據庫中的數千張圖像
- 按快照過濾，例如顯示有關特定特征或單個地塊的所有信息
- 僅顯示特定實驗或研究人員的圖像和結果
- 在特定時間范圍內僅顯示快照
?排序選項，使得查找的效率更高。
- 按時間
- 快照ID
- 實驗
- 研究員
- 等等
?查看模式，快速查看和手工調查您的表型數據。
- 單一查看，詳細檢查
?查看獲取的單個圖像（RGB，熒光等）（鏈接到相機）
?圖像分析結果
?附加元數據
- 多視圖，所有信息一目了然或比較不同的結果，一次最多16張圖像
?一次查看單個圖片的所有獲取圖像，以便輕松檢查內部的相關性或差異
- 數據監視器，跟蹤您的硬件
?所有當前和計劃任務的概述
- 分析作業，已分析的圖像以及服務器仍需要分析的內容
- 維護，這將有助于您安排所有必要的維護工作在您的硬件
- 提前通知，編輯并查看每個植株的計劃成像方案。例如。將您的對照組僅進行VIS成像，而處理組中使用所有可用的攝像機成像。
- 系統作業概述了預定的任務，如澆水和成像作業。
2. LemnaControl
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LemnaTec 會充分考慮到客戶在開發和改進過程中軟件的需求。 每個試驗以前，會教給客戶怎么識別苗圃的位置，客戶可以使用手動操作，工業裝置用來將 Field Scanalyzer Field系統的 X 和 Y 軸方向精確的設置，可以 保證所有的圖片都可以正確的采集，即使在播種時存在差異也是可以的。 在控制軟件界面，客戶可以根據試驗計劃安排成像工作。 成像工作包括相機的選擇、成像區域、高度選擇和成像時間等。
圖 2： LemnaControl:左邊可以看到田間布局，中間部分允許用戶選擇不同的成像模式，右邊顯示工作計劃。
如下圖所示，包括作業的時間長短將出現在工作日歷中。隨時間變化，系統將創建一個統計量為每個重 復執行作業，允許用戶各個作業的長度的精確的預測。時間表功能還允許設置的時間窗口為每個作業選 擇開始和結束。
圖 3：LemnaCotrol 中的試驗計劃
3. LemnaGrid
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該系統利用圖形化編程語言（類似于 Labview 或微軟的 Robotics Studio），它可以建立不同算法的連接，形成圖像處理直觀圖形化。創建一個圖像處理的流 程線路，可從原始圖像中提取所需的屬性。 為實現高通量的圖像處理，可先建立一個圖像處理程序（Grid），并可將此 Grid 應用于所有的圖像處理。
圖 4：Lemna Grid 軟件界面
可用實施和測試裝備的一個子集：
· 不同的顏色空間：RGB、HIS、LAB 和 LUV；
· 邊緣濾波片 (檢測圖片的邊緣，比如植物的邊緣)；
· 形態學運算；
· 分割；
· 閾值；
· 未變形；
· 分類；
由 LemnaTec 提供的充分開發的算法，洛桑研究所將整合使用插件設備的任何定制開發的圖像分析工具的可能性。這個插件裝置可用于與任何.exe 文件（或者用 Matlab 創建）。 這將確保獲得了在其他領域可以的 LemnaTec 算法的強度結合，用于現有的程序進行圖像分析。
4. Data Base – LemnaBase
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LemnaBase 作為數據庫，為所有 LemnaTec 的軟件模塊提供界面，根據 實驗通量和 LemnaTec 系統的復雜程度，LemnaBase 需要專門的服務器或者本地 工作站。也就是說 LemnaTec 數據庫通過服務器以 FTP 形式管理圖片，通過 SQL 管理其他實驗以及不同實驗的元數據。為迅速的處理大批量數據，LemnaBase 提供特定的管理功能，如：
· 對不同實驗或者不同工作組的實驗數據進行細分
· 數據庫可復制，也可共享圖像或結果
· 數據保護功能，避免覆蓋
· 對某些數據設置限制訪問
· 設定不同級別的用戶不同的權限
圖 5：數據庫布局的簡單概述
5. Data Mining – LemnaMiner
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LemnaMiner 從 LemnaTec 數據庫里面提取數據并分析，將圖像分析數據與其他實 驗數據結果轉化成生物相關的信息，并進行后續的統計分析。數據管理工具欄提供 LemnaMiner 軟件協議。
標準查詢：樣品標號或測試系統或用戶等；整個實驗過程的控制數據；一次實驗的所有結果；一個用戶的所有實驗結果。
基于 SQL 協議，對圖片的數據進行再分析：
· 可自定義新的分析參數
· 手動校正，并進行備注，所有操作過程將自動記錄
· 可辨別顏色的微變化
· 可自動選擇
· 可自定義標準
· 可通過相對值或值來評估性狀
6. Lemna-R
? 方便地訪問所有數據和繪圖功能
? 與R統計數據無縫集成
? 可配置的數據處理功能
? 可視化的數據和圖片
? 報告生成器
