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PCR片段拼接的SOE和SDL方法

時間:2017-6-12閱讀:558
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PCR技術(多聚酶鏈式反應)是現(xiàn)代分子生物學的一個巨大突破,它能在體外迅速、 大量、靈敏地擴增基因片段??墒?,經(jīng)PCR技術擴增的大量相關基因片段如何能有效 拼接,卻是一個很值行探討的問題。傳統(tǒng)的方法是引入限制性內切酶位點,這不但操 作繁雜,而有時為了構建限性位點還會影響解讀三聯(lián)密碼的正確性。本介紹兩種基因 拼接的新方法,即SOE和SDL法,就能巧妙地解決這個問題。
SOE法

  1989年,Horton等人提出了SOE法(GENE splicing by over lap extension),即通 過復制時DNA鏈的交錯延伸不實現(xiàn)基因拼接。本法可分四步進行。

  (1)引物設計:引物a和d是常規(guī)引物;b的左半段為常規(guī)引物,右半段為基因Ⅱ的引 物序列;c同理;則b和c的部分堿基可互補配對。

 ?。?)基因I、Ⅱ分別擴增,產物相應為片段A、B和C、D。

 ?。?)兩種產物混合,經(jīng)變性及退火處理,A鏈和D鏈部分堿基互補配對,成雜交鏈。

 ?。?)在DNApolymeraseI作用下,A和D鏈互為引物和模板,合成出A"D"鏈,即為基因I 和基因Ⅱ的接接產物。若在引物中引入突變的堿基序列,則在接接產物中,將按預先 設計要求出現(xiàn)定點突變。

SDL法

  1991年下半年,Lebedenko等人提出SDL方法(gene splicing by directed liga- tion),即直接拼接法,它在SOE法基礎上又有新的突破。本法的要點如下:

 ?。?)限制性內切酶,EcoRI核酸內切酶(或其它Ⅱs類限制性內切酶)能專一性識別 6bp的非回文序列,并能單向特異性地切斷EcoRI識別的6bp以外的1—5個核苷酸,產 生一個以突出的4個核苷酸為結尾的5"末端。因而該伸頭末端與酶切位點序列無關, 而是由切點附近的序列決定的。

  (2)擴增時實際運用的引物的構建。以exon5的實用引物為例:5"鏈引物包括常規(guī)5" 鏈引物序列和BamHI識別位點及起密碼序列;3"鏈引物包括常規(guī)3"鏈引物和AC及EcoRI 識別位點。

  (3)*性末端的形成。經(jīng)擴增和限制性內切酶處理后可得供拼接的exon5,它的右 側突出末端TCAC中,TC為原始exon5的一部分,AC為原始exon6的一部分,且TCAC與 exon6的AGTG互補配對,其余類推。因為這種結尾相同的幾率為1/259,故可被視作 “*性末端”。

 ?。?)把經(jīng)擴增的exon5、exon6和exon7混合,依據(jù)堿基互補配對原則,它們就能按順 序依次拼接。

  顯而易見,在SOE法中,退火時的zui希望產物是AD,雜交鏈,但A鏈和B鏈,C鏈和D鏈 配對的可能性更大,另外還有B、C鏈的配對,這些都是不利的;而SDL法中就不存在 這個問題。另一方面,由于不需DNApolymeraseI,避免了它在復制中可能帶來的錯 誤,所以,SDL法更*。

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