ELISA把冷凍過的植物置于真空狀態(tài)下，使之充分脫水，從而完成植物從冷凍狀態(tài)到脫水防腐狀態(tài)的轉(zhuǎn)換，這就是冷凍干燥法的原理。 
 　在進行冷凍干燥的真空環(huán)境下，水只能以固體（冰）或氣體（蒸氣）的形式存在，而不能以液體形式存在，所以可以防止植物溶解在水中而發(fā)生潰爛。植物中的冰在真空環(huán)境下變成蒸氣，因而使冷凍干燥室的氣壓變大。如果不能很好地處理蒸氣，與冷凍干燥室相連的真空機會被水充滿，從而破壞冷凍干燥室的真空狀態(tài)。當(dāng)此種破壞達到一定程度時，植物就會被軟化，呈現(xiàn)出空氣干燥后的狀態(tài)－皺縮、潰爛和發(fā)黑。 
 但是，如果能將冷凍板控制在華氏零下 25 度以下，這個問題就能迎刃而解。ELISA水蒸氣會自然地流向這些溫度較低的冷凍板，并在板上凝結(jié)成冰。經(jīng)由此方式，我們就能減少冷凍干燥室里的水蒸氣，從而保證整個冷凍干燥過程在適當(dāng)?shù)恼婵諣顟B(tài)下進行。 
 　ELISA小心地增加溫度也是這個過程中重要的一環(huán)，一旦熱量提供太多、太快，就會有過量的水蒸氣蒸發(fā)到冷凍干燥室中，而如果冷凍系統(tǒng)不能及時凝結(jié)水蒸氣，過剩的水蒸氣就會加升室內(nèi)的氣壓，降低真空狀態(tài)，這時植物就會變軟。 
 值得注意的是，在一般的冷凍干燥過程中，植物的外層會構(gòu)成一個絕緣層，阻止其內(nèi)部水份的蒸發(fā)，也就是說植物是由外向內(nèi)進行脫水，亦意味著在適當(dāng)溫度下，要花更多的時間來干燥植物內(nèi)部。實際上，一般的冷凍干燥有 80% 的時間是被用來除去植物內(nèi)部zui后 20% 的水份，舉例來說，冷凍干燥一個草莓一般要花 14 到 16 小時。